Bulk RNA-seq

涵盖上游比对、预处理、差异表达、网络分析、去卷积和 TCGA 工作流的教程。

上游

• 使用STAR进行Bulk RNA-seq比对
• 使用kb-python进行Bulk RNA-seq比对

预处理

• Bulk RNA-seq或微阵列数据中的批次校正

下游

• 差异表达分析
• 使用DEseq2进行差异表达分析
• 使用String-db进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）分析
• WGCNA（加权基因共表达网络分析）分析

去卷积

• 基于参考scRNA-seq的Bulk反卷积

其他

• TCGA数据库预处理