Nicheformer

Nicheformer#

⚠️ 状态： 部分支持 | 版本： v1.0

概述#

感知微环境的空间 Transformer，联合建模空间坐标与基因表达

!!! tip “何时选择 Nicheformer”

适用于拥有空间转录组学数据（Visium、MERFISH、Slide-seq）并希望获得微环境感知或空间上下文嵌入的场景

规格参数#

属性

值

模型

Nicheformer

版本

v1.0

任务

embed, integrate, spatial

模态

RNA, Spatial

物种

human, mouse

基因 ID

symbol

嵌入维度

512

需要 GPU

是

最低显存

16 GB

推荐显存

32 GB

CPU 回退

否

适配器状态

⚠️ 部分支持

快速开始#

import omicverse as ov

# 1. 查看模型规格
info = ov.fm.describe_model("nicheformer")

# 2. 分析您的数据
profile = ov.fm.profile_data("your_data.h5ad")

# 3. 验证兼容性
check = ov.fm.preprocess_validate("your_data.h5ad", "nicheformer", "embed")

# 4. 运行推理
result = ov.fm.run(
    task="embed",
    model_name="nicheformer",
    adata_path="your_data.h5ad",
    output_path="output_nicheformer.h5ad",
    device="auto",
)

# 5. 解读结果
metrics = ov.fm.interpret_results("output_nicheformer.h5ad", task="embed")

输入要求#

要求

详情

基因 ID 方案

symbol

预处理

标准预处理。对于空间任务，请在 adata.obsm['spatial'] 中包含空间坐标。

数据格式

AnnData (.h5ad)

批次键

用于批次整合的 .obs 列（可选）

输出键#

运行 ov.fm.run() 后，结果存储在 AnnData 对象中：

键

位置

描述

X_nicheformer

adata.obsm

细胞嵌入向量（512 维）

 
import scanpy as sc

adata = sc.read_h5ad("output_nicheformer.h5ad")
embeddings = adata.obsm["X_nicheformer"]  # shape: (n_cells, 512)

# 下游分析
sc.pp.neighbors(adata, use_rep="X_nicheformer")
sc.tl.umap(adata)
sc.tl.leiden(adata, resolution=0.5)
sc.pl.umap(adata, color=["leiden"])

参考资源#

动手教程#

如需包含代码的逐步演练，请参阅 Nicheformer 教程笔记本。

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