OmicVerse MCP 服务器

OmicVerse MCP 服务器#

OmicVerse MCP 服务器通过模型上下文协议将已注册的分析函数作为工具暴露出来。Claude Code、Claude Desktop 以及其他 MCP 客户端可以发现并调用这些工具，同时底层的 AnnData 对象保留在服务器端。

!!! tip “如何阅读 MCP 文档”

本页面现在是概述入口。原来的长篇指南已按主题拆分，以便您可以直接跳转到所需部分，而无需阅读一篇很长的页面。

阅读路线图#

OmicVerse MCP 提供的功能#

  • 作为 MCP 工具暴露的 OmicVerse 分析工具

  • 稳定的句柄，如 adata_id、artifact_id 和 instance_id

  • 内置数据集，如 ov.datasets.pbmc3k、ov.datasets.pbmc8k 和 ov.datasets.seqfish

  • AnnData 检查工具，如 ov.adata.describe、ov.adata.peek 和 ov.adata.inspect

  • 两种本地传输方式：stdio 和 streamable-http

当前范围#

在当前实现中：

  • P0：15 个分析工具

  • P0.5：13 个额外分析工具

  • P2：5 个高级基于类的工具

  • 元工具：25 个始终可用的工具

  • P0+P0.5+P2 合计：58 个工具

内容迁移说明#

安装、启动和首次分析#

已迁移至：

阶段系统、工具目录和依赖层#

已迁移至：

客户端配置#

已迁移至：

包括：

  • stdio

  • 本地 streamable-http

  • Claude Code / Claude Desktop

  • 远程 SSH 启动

  • 本地与远程并行部署

会话、句柄、持久化、可观测性和故障排查#

已迁移至：

JSON-RPC 和原始客户端示例#

已迁移至：

最简示例#

如果您只想要最短的有效流程：

Load the built-in pbmc3k dataset
Describe the current adata
Run QC, scale, PCA with 50 components, build neighbors, compute UMAP, and run Leiden clustering
Plot the UMAP colored by leiden

使用快速开始获取该流程背后的命令和配置片段。

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