ATACformer

ATACformer#

⚠️ 状态： 部分支持 | 版本： v1.0

概述#

专为 ATAC-seq 设计的 Transformer，基于染色质开放区域 Peak（非基因）输入，是染色质可及性分析的专业模型

!!! tip “何时选择 ATACformer”

适用于拥有 ATAC-seq 数据、染色质可及性图谱，或基于 Peak（而非基因表达）输入的场景

规格参数#

属性

值

模型

ATACformer

版本

v1.0

任务

embed, integrate

模态

ATAC

物种

human

基因 ID

custom (peak-based)

嵌入维度

512

需要 GPU

是

最低显存

16 GB

推荐显存

32 GB

CPU 回退

否

适配器状态

⚠️ 部分支持

快速开始#

import omicverse as ov

# 1. 查看模型规格
info = ov.fm.describe_model("atacformer")

# 2. 分析您的数据
profile = ov.fm.profile_data("your_data.h5ad")

# 3. 验证兼容性
check = ov.fm.preprocess_validate("your_data.h5ad", "atacformer", "embed")

# 4. 运行推理
result = ov.fm.run(
    task="embed",
    model_name="atacformer",
    adata_path="your_data.h5ad",
    output_path="output_atacformer.h5ad",
    device="auto",
)

# 5. 解读结果
metrics = ov.fm.interpret_results("output_atacformer.h5ad", task="embed")

输入要求#

要求

详情

基因 ID 方案

custom (peak-based)

预处理

输入必须是 ATAC-seq Peak 矩阵（非基因表达）。请遵循标准 scATAC-seq 预处理流程（LSI/TF-IDF）。

数据格式

AnnData (.h5ad)

批次键

用于批次整合的 .obs 列（可选）

输出键#

运行 ov.fm.run() 后，结果存储在 AnnData 对象中：

键

位置

描述

X_atacformer

adata.obsm

细胞嵌入向量（512 维）

 
import scanpy as sc

adata = sc.read_h5ad("output_atacformer.h5ad")
embeddings = adata.obsm["X_atacformer"]  # shape: (n_cells, 512)

# 下游分析
sc.pp.neighbors(adata, use_rep="X_atacformer")
sc.tl.umap(adata)
sc.tl.leiden(adata, resolution=0.5)
sc.pl.umap(adata, color=["leiden"])

参考资源#

动手教程#

如需包含代码的逐步演练，请参阅 ATACformer 教程笔记本。

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