教程#
熟悉 OmicVerse 最简单的方式是跟随我们的教程进行学习。 大多数 Notebook 均设计为可在 Google Colab 中以最少配置运行。
- Bulk RNA-seq
- 单细胞 RNA-seq
- Bulk 转单细胞与跨平台
- Bulk RNA-seq generate ‘interrupted’ cells to interpolate scRNA-seq
- 批量 RNA-seq 到单细胞 RNA-seqBulk2Single 用于批量 RNA-seq 反卷积。我们从 Bulk2Space 算法中提取了 beta-VAE 部分，并构建了一种可以从批量 RNA-seq 反卷积到单细胞 RNA-seq 的算法。此外，我们重新设计了数据的输入和输出，使其更兼容 Python 环境中的分析约定。Paper: De novo analysis of bulk RNA-seq data at spatially resolved single-cell resolutionCode: https://github.com/ZJUFanLab/bulk2spaceColab_Reproducibility：https://colab.research.google.com/drive/1He71hAyeAv1DHQyXUlxtoJ4QvwZwW7I0?usp=sharing本教程介绍了如何从批量 RNA-seq 和参考 scRNA-seq 数据中读取、设置和训练模型。我们使用 pdac 数据集作为示例
- Single RNA-seq to Spatial RNA-seq
- 空间转录组学
- 基础模型
- 可视化与绘图